Example usage for org.hibernate Criteria createCriteria

List of usage examples for org.hibernate Criteria createCriteria

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Introduction

In this page you can find the example usage for org.hibernate Criteria createCriteria.

Prototype

public Criteria createCriteria(String associationPath) throws HibernateException;

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Document

Create a new Criteria, "rooted" at the associated entity.

Usage

From source file:edu.monash.merc.dao.PEEvidenceDAO.java

License:Open Source License

/**
 * {@inheritDoc}// w  w w. j  av a  2 s . co m
 */
@SuppressWarnings("unchecked")
public List<PEEvidence> getPEEvidencesByGeneAndType(long geneId, DataType dataType) {
    Criteria peCriteria = this.session().createCriteria(this.persistClass);
    Criteria gCriteria = peCriteria.createCriteria("gene");
    Criteria dtypeCriteria = peCriteria.createCriteria("tpbDataType");
    dtypeCriteria.addOrder(Order.asc("displayName"));
    Criteria acCriteria = peCriteria.createCriteria("identifiedAccession");
    acCriteria.addOrder(Order.asc("accession"));

    gCriteria.add(Restrictions.eq("id", geneId));

    Disjunction dtypeOr = Restrictions.disjunction();

    //PE
    if (dataType.equals(DataType.PE)) {
        dtypeOr.add(Restrictions.eq("dataType", DataType.PE.type()));
        dtypeOr.add(Restrictions.eq("dataType", DataType.PE_MS.type()));
        dtypeOr.add(Restrictions.eq("dataType", DataType.PE_MS_ANN.type()));
        dtypeOr.add(Restrictions.eq("dataType", DataType.PE_MS_PROB.type()));
        dtypeOr.add(Restrictions.eq("dataType", DataType.PE_MS_SAM.type()));
        dtypeOr.add(Restrictions.eq("dataType", DataType.PE_ANTI.type()));
        dtypeOr.add(Restrictions.eq("dataType", DataType.PE_ANTI_ANN.type()));
        dtypeOr.add(Restrictions.eq("dataType", DataType.PE_ANTI_IHC.type()));
        dtypeOr.add(Restrictions.eq("dataType", DataType.PE_ANTI_IHC_NORM.type()));
        dtypeOr.add(Restrictions.eq("dataType", DataType.PE_OTH.type()));
        dtypeOr.add(Restrictions.eq("dataType", DataType.PE_OTH_CUR.type()));
        dtypeCriteria.add(dtypeOr);

    } else if (dataType.equals(DataType.PE_MS)) {
        dtypeOr.add(Restrictions.eq("dataType", DataType.PE_MS.type()));
        dtypeOr.add(Restrictions.eq("dataType", DataType.PE_MS_ANN.type()));
        dtypeOr.add(Restrictions.eq("dataType", DataType.PE_MS_PROB.type()));
        dtypeOr.add(Restrictions.eq("dataType", DataType.PE_MS_SAM.type()));
        dtypeCriteria.add(dtypeOr);

    } else if (dataType.equals(DataType.PE_MS_ANN)) {
        dtypeCriteria.add(Restrictions.eq("dataType", DataType.PE_MS_ANN.type()));

    } else if (dataType.equals(DataType.PE_MS_PROB)) {
        dtypeCriteria.add(Restrictions.eq("dataType", DataType.PE_MS_PROB.type()));

    } else if (dataType.equals(DataType.PE_MS_SAM)) {
        dtypeCriteria.add(Restrictions.eq("dataType", DataType.PE_MS_SAM.type()));

    } else if (dataType.equals(DataType.PE_ANTI)) {
        dtypeOr.add(Restrictions.eq("dataType", DataType.PE_ANTI.type()));
        dtypeOr.add(Restrictions.eq("dataType", DataType.PE_ANTI_ANN.type()));
        dtypeOr.add(Restrictions.eq("dataType", DataType.PE_ANTI_IHC.type()));
        dtypeOr.add(Restrictions.eq("dataType", DataType.PE_ANTI_IHC_NORM.type()));
        dtypeCriteria.add(dtypeOr);

    } else if (dataType.equals(DataType.PE_ANTI_ANN)) {
        dtypeCriteria.add(Restrictions.eq("dataType", DataType.PE_ANTI_ANN.type()));

    } else if (dataType.equals(DataType.PE_ANTI_IHC)) {
        dtypeCriteria.add(Restrictions.eq("dataType", DataType.PE_ANTI_IHC.type()));
        dtypeCriteria.add(Restrictions.eq("dataType", DataType.PE_ANTI_IHC_NORM.type()));

    } else if (dataType.equals(DataType.PE_ANTI_IHC_NORM)) {
        dtypeCriteria.add(Restrictions.eq("dataType", DataType.PE_ANTI_IHC_NORM.type()));

    } else if (dataType.equals(DataType.PE_OTH)) {
        dtypeOr.add(Restrictions.eq("dataType", DataType.PE_OTH.type()));
        dtypeOr.add(Restrictions.eq("dataType", DataType.PE_OTH_CUR.type()));
        dtypeCriteria.add(dtypeOr);

    } else if (dataType.equals(DataType.PE_OTH_CUR)) {
        dtypeCriteria.add(Restrictions.eq("dataType", DataType.PE_OTH_CUR.type()));

    } else {
        //nothing
    }
    peCriteria.addOrder(Order.desc("colorLevel"));
    return peCriteria.list();
}

From source file:edu.monash.merc.dao.PTMEvidenceDAO.java

License:Open Source License

/**
 * {@inheritDoc}/*  w  w w .  j ava 2  s  . c om*/
 */
@Override
public PTMEvidence getPTMSummaryByGeneAndType(long geneId, DataType dataType) {
    Criteria ptmEvCriteria = this.session().createCriteria(this.persistClass);
    Criteria gCriteria = ptmEvCriteria.createCriteria("gene");
    Criteria dtypeCriteria = ptmEvCriteria.createCriteria("tpbDataType");

    gCriteria.add(Restrictions.eq("id", geneId));

    Disjunction dtypeOr = Restrictions.disjunction();
    //PTM
    if (dataType.equals(DataType.PTM)) {
        dtypeOr.add(Restrictions.eq("dataType", DataType.PTM.type()));
        dtypeOr.add(Restrictions.eq("dataType", DataType.PTM_PHS.type()));
        dtypeOr.add(Restrictions.eq("dataType", DataType.PTM_PHS_SER.type()));
        dtypeOr.add(Restrictions.eq("dataType", DataType.PTM_PHS_TYR.type()));
        dtypeOr.add(Restrictions.eq("dataType", DataType.PTM_PHS_THR.type()));
        dtypeOr.add(Restrictions.eq("dataType", DataType.PTM_ACE.type()));
        dtypeOr.add(Restrictions.eq("dataType", DataType.PTM_ACE_LYS.type()));
        dtypeOr.add(Restrictions.eq("dataType", DataType.PTM_ACE_NTA.type()));
        dtypeCriteria.add(dtypeOr);
    } else if (dataType.equals(DataType.PTM_PHS)) {
        dtypeOr.add(Restrictions.eq("dataType", DataType.PTM_PHS.type()));
        dtypeOr.add(Restrictions.eq("dataType", DataType.PTM_PHS_SER.type()));
        dtypeOr.add(Restrictions.eq("dataType", DataType.PTM_PHS_TYR.type()));
        dtypeOr.add(Restrictions.eq("dataType", DataType.PTM_PHS_THR.type()));
        dtypeCriteria.add(dtypeOr);
    } else if (dataType.equals(DataType.PTM_PHS_SER)) {
        dtypeCriteria.add(Restrictions.eq("dataType", DataType.PTM_PHS_SER.type()));
    } else if (dataType.equals(DataType.PTM_PHS_TYR)) {
        dtypeCriteria.add(Restrictions.eq("dataType", DataType.PTM_PHS_TYR.type()));
    } else if (dataType.equals(DataType.PTM_PHS_THR)) {
        dtypeCriteria.add(Restrictions.eq("dataType", DataType.PTM_PHS_THR.type()));
    } else if (dataType.equals(DataType.PTM_ACE)) {
        dtypeOr.add(Restrictions.eq("dataType", DataType.PTM_ACE.type()));
        dtypeOr.add(Restrictions.eq("dataType", DataType.PTM_ACE_LYS.type()));
        dtypeOr.add(Restrictions.eq("dataType", DataType.PTM_ACE_NTA.type()));
        dtypeCriteria.add(dtypeOr);
    } else if (dataType.equals(DataType.PTM_ACE_LYS)) {
        dtypeCriteria.add(Restrictions.eq("dataType", DataType.PTM_ACE_LYS.type()));
    } else if (dataType.equals(DataType.PTM_ACE_NTA)) {
        dtypeCriteria.add(Restrictions.eq("dataType", DataType.PTM_ACE_NTA.type()));
    } else {
        return null;
    }
    ptmEvCriteria.addOrder(Order.desc("colorLevel"));
    ptmEvCriteria.setMaxResults(1);
    return (PTMEvidence) ptmEvCriteria.uniqueResult();
}

From source file:edu.monash.merc.dao.PTMEvidenceDAO.java

License:Open Source License

/**
 * {@inheritDoc}// w  w  w  .ja v  a  2 s . c o  m
 */
@Override
@SuppressWarnings("unchecked")
public List<PTMEvidence> getPTMEvidencesByGeneAndType(long geneId, DataType dataType) {
    Criteria ptmEvCriteria = this.session().createCriteria(this.persistClass);
    Criteria gCriteria = ptmEvCriteria.createCriteria("gene");
    Criteria dtypeCriteria = ptmEvCriteria.createCriteria("tpbDataType");
    Criteria acCriteria = ptmEvCriteria.createCriteria("identifiedAccession");
    acCriteria.addOrder(Order.asc("accession"));

    gCriteria.add(Restrictions.eq("id", geneId));

    Disjunction dtypeOr = Restrictions.disjunction();
    //PTM
    if (dataType.equals(DataType.PTM)) {
        dtypeOr.add(Restrictions.eq("dataType", DataType.PTM.type()));
        dtypeOr.add(Restrictions.eq("dataType", DataType.PTM_PHS.type()));
        dtypeOr.add(Restrictions.eq("dataType", DataType.PTM_PHS_SER.type()));
        dtypeOr.add(Restrictions.eq("dataType", DataType.PTM_PHS_TYR.type()));
        dtypeOr.add(Restrictions.eq("dataType", DataType.PTM_PHS_THR.type()));
        dtypeOr.add(Restrictions.eq("dataType", DataType.PTM_ACE.type()));
        dtypeOr.add(Restrictions.eq("dataType", DataType.PTM_ACE_LYS.type()));
        dtypeOr.add(Restrictions.eq("dataType", DataType.PTM_ACE_NTA.type()));
        dtypeCriteria.add(dtypeOr);
    } else if (dataType.equals(DataType.PTM_PHS)) {
        dtypeOr.add(Restrictions.eq("dataType", DataType.PTM_PHS.type()));
        dtypeOr.add(Restrictions.eq("dataType", DataType.PTM_PHS_SER.type()));
        dtypeOr.add(Restrictions.eq("dataType", DataType.PTM_PHS_TYR.type()));
        dtypeOr.add(Restrictions.eq("dataType", DataType.PTM_PHS_THR.type()));
        dtypeCriteria.add(dtypeOr);
    } else if (dataType.equals(DataType.PTM_PHS_SER)) {
        dtypeCriteria.add(Restrictions.eq("dataType", DataType.PTM_PHS_SER.type()));
    } else if (dataType.equals(DataType.PTM_PHS_TYR)) {
        dtypeCriteria.add(Restrictions.eq("dataType", DataType.PTM_PHS_TYR.type()));
    } else if (dataType.equals(DataType.PTM_PHS_THR)) {
        dtypeCriteria.add(Restrictions.eq("dataType", DataType.PTM_PHS_THR.type()));
    } else if (dataType.equals(DataType.PTM_ACE)) {
        dtypeOr.add(Restrictions.eq("dataType", DataType.PTM_ACE.type()));
        dtypeOr.add(Restrictions.eq("dataType", DataType.PTM_ACE_LYS.type()));
        dtypeOr.add(Restrictions.eq("dataType", DataType.PTM_ACE_NTA.type()));
        dtypeCriteria.add(dtypeOr);
    } else if (dataType.equals(DataType.PTM_ACE_LYS)) {
        dtypeCriteria.add(Restrictions.eq("dataType", DataType.PTM_ACE_LYS.type()));
    } else if (dataType.equals(DataType.PTM_ACE_NTA)) {
        dtypeCriteria.add(Restrictions.eq("dataType", DataType.PTM_ACE_NTA.type()));
    } else {
        //nothing
    }

    ptmEvCriteria.addOrder(Order.desc("colorLevel"));
    return ptmEvCriteria.list();
}

From source file:edu.monash.merc.dao.TEEvidenceDAO.java

License:Open Source License

@Override
public TEEvidence getTESummaryByGeneAndType(long seneId, DataType dataType) {
    Criteria teEvCriteria = this.session().createCriteria(this.persistClass);
    Criteria gCriteria = teEvCriteria.createCriteria("gene");
    Criteria dtypeCriteria = teEvCriteria.createCriteria("tpbDataType");

    gCriteria.add(Restrictions.eq("id", seneId));

    Disjunction dtypeOr = Restrictions.disjunction();
    //TE//from   ww w . j av a 2  s .  c  o m
    if (dataType.equals(DataType.TE)) {
        dtypeOr.add(Restrictions.eq("dataType", DataType.TE.type()));
        dtypeOr.add(Restrictions.eq("dataType", DataType.TE_MA.type()));
        dtypeOr.add(Restrictions.eq("dataType", DataType.TE_MA_PROP.type()));
        dtypeOr.add(Restrictions.eq("dataType", DataType.TE_OTH.type()));
        dtypeOr.add(Restrictions.eq("dataType", DataType.TE_OTH_CUR.type()));
        dtypeCriteria.add(dtypeOr);
    } else if (dataType.equals(DataType.TE_MA)) {
        dtypeOr.add(Restrictions.eq("dataType", DataType.TE_MA.type()));
        dtypeOr.add(Restrictions.eq("dataType", DataType.TE_MA_PROP.type()));
        dtypeCriteria.add(dtypeOr);
    } else if (dataType.equals(DataType.TE_MA_PROP)) {
        dtypeCriteria.add(Restrictions.eq("dataType", DataType.TE_MA_PROP.type()));
    } else if (dataType.equals(DataType.TE_OTH)) {
        dtypeOr.add(Restrictions.eq("dataType", DataType.TE_OTH.type()));
        dtypeOr.add(Restrictions.eq("dataType", DataType.TE_OTH_CUR.type()));
        dtypeCriteria.add(dtypeOr);
    } else if (dataType.equals(DataType.TE_OTH_CUR)) {
        dtypeCriteria.add(Restrictions.eq("dataType", DataType.TE_OTH_CUR.type()));
    } else {
        //nothing
    }
    teEvCriteria.addOrder(Order.desc("colorLevel"));
    teEvCriteria.setMaxResults(1);
    return (TEEvidence) teEvCriteria.uniqueResult();
}

From source file:edu.monash.merc.dao.TEEvidenceDAO.java

License:Open Source License

@SuppressWarnings("unchecked")
@Override/*w  w w .  j  a  v a2 s  . c o  m*/
public List<TEEvidence> getTEEvidencesByGeneAndType(long geneId, DataType dataType) {
    Criteria teEvCriteria = this.session().createCriteria(this.persistClass);
    Criteria gCriteria = teEvCriteria.createCriteria("gene");
    Criteria dtypeCriteria = teEvCriteria.createCriteria("tpbDataType");
    Criteria acCriteria = teEvCriteria.createCriteria("identifiedAccession");
    acCriteria.addOrder(Order.asc("accession"));

    gCriteria.add(Restrictions.eq("id", geneId));

    Disjunction dtypeOr = Restrictions.disjunction();
    //TE
    if (dataType.equals(DataType.TE)) {
        dtypeOr.add(Restrictions.eq("dataType", DataType.TE.type()));
        dtypeOr.add(Restrictions.eq("dataType", DataType.TE_MA.type()));
        dtypeOr.add(Restrictions.eq("dataType", DataType.TE_MA_PROP.type()));
        dtypeOr.add(Restrictions.eq("dataType", DataType.TE_OTH.type()));
        dtypeOr.add(Restrictions.eq("dataType", DataType.TE_OTH_CUR.type()));
        dtypeCriteria.add(dtypeOr);
    } else if (dataType.equals(DataType.TE_MA)) {
        dtypeOr.add(Restrictions.eq("dataType", DataType.TE_MA.type()));
        dtypeOr.add(Restrictions.eq("dataType", DataType.TE_MA_PROP.type()));
        dtypeCriteria.add(dtypeOr);
    } else if (dataType.equals(DataType.TE_MA_PROP)) {
        dtypeCriteria.add(Restrictions.eq("dataType", DataType.TE_MA_PROP.type()));
    } else if (dataType.equals(DataType.TE_OTH)) {
        dtypeOr.add(Restrictions.eq("dataType", DataType.TE_OTH.type()));
        dtypeOr.add(Restrictions.eq("dataType", DataType.TE_OTH_CUR.type()));
        dtypeCriteria.add(dtypeOr);
    } else if (dataType.equals(DataType.TE_OTH_CUR)) {
        dtypeCriteria.add(Restrictions.eq("dataType", DataType.TE_OTH_CUR.type()));
    } else {
        //nothing
    }
    teEvCriteria.addOrder(Order.desc("colorLevel"));
    return teEvCriteria.list();
}

From source file:edu.monash.merc.dao.TPBDataTypeDAO.java

License:Open Source License

/**
 * {@inheritDoc}/*from   w  ww  .  j  ava2  s .co  m*/
 */
@SuppressWarnings("unchecked")
public List<TPBDataType> getSubTPBDataType(long id) {

    Criteria criteria = this.session().createCriteria(this.persistClass);
    Criteria pCriteria = criteria.createCriteria("parentDataType");
    pCriteria.add(Restrictions.eq("id", id));
    return criteria.list();
}

From source file:edu.monash.merc.dao.TPBDataTypeDAO.java

License:Open Source License

/**
 * {@inheritDoc}/*from w w w .j  a v a 2 s  .  c  o m*/
 */
@SuppressWarnings("unchecked")
public List<TPBDataType> getSubTPBDataType(String dataType) {
    Criteria criteria = this.session().createCriteria(this.persistClass);
    Criteria pCriteria = criteria.createCriteria("parentDataType");
    pCriteria.add(Restrictions.eq("dataType", dataType));
    return criteria.list();
}

From source file:edu.monash.merc.dao.TPBDataTypeDAO.java

License:Open Source License

/**
 * {@inheritDoc}//from  w w w  .j  av a2  s. c om
 */
public boolean isLastLevelType(String dataType) {
    Criteria criteria = this.session().createCriteria(this.persistClass);
    Criteria pCriteria = criteria.createCriteria("parentDataType");
    pCriteria.add(Restrictions.eq("dataType", dataType));
    criteria.setProjection(Projections.rowCount());
    long total = (Long) criteria.uniqueResult();
    if (total < 1) {
        return true;
    } else {
        return false;
    }
}

From source file:edu.monash.merc.dao.TPBDataTypeDAO.java

License:Open Source License

/**
 * {@inheritDoc}/*from  w w  w.j av a2s. co m*/
 */
public boolean isLastLevelType(long id) {
    Criteria criteria = this.session().createCriteria(this.persistClass);
    Criteria pCriteria = criteria.createCriteria("parentDataType");
    pCriteria.add(Restrictions.eq("id", id));
    criteria.setProjection(Projections.rowCount());
    long total = (Long) criteria.uniqueResult();
    if (total < 1) {
        return true;
    } else {
        return false;
    }
}

From source file:edu.monash.merc.dao.TPBVersionDAO.java

License:Open Source License

/**
 * {@inheritDoc}/*w w w.  ja  v  a 2s.  co  m*/
 */
public boolean checkTPBVersionAvailable(ChromType chromType, TLVersionTrack tlVersionTrack) {
    Criteria qCriteria = this.session().createCriteria(this.persistClass);
    qCriteria.add(Restrictions.eq("chromosome", chromType.chm()).ignoreCase());

    int trackToken = tlVersionTrack.getTrackToken();
    qCriteria.add(Restrictions.eq("trackToken", trackToken));

    DSVersion nxVersion = tlVersionTrack.getNxDsVersion();
    if (nxVersion != null) {
        Criteria nxCriteria = qCriteria.createCriteria("nxVersion");
        nxCriteria.add(Restrictions.eq("id", nxVersion.getId()));
    }

    DSVersion gpmVersion = tlVersionTrack.getGpmDsVersion();
    if (gpmVersion != null) {
        Criteria gpmCriteria = qCriteria.createCriteria("gpmVersion");
        gpmCriteria.add(Restrictions.eq("id", gpmVersion.getId()));
    }

    DSVersion gpmPstyVersion = tlVersionTrack.getGpmPstyDsVersion();
    if (gpmPstyVersion != null) {
        Criteria gpmPstyCriteria = qCriteria.createCriteria("gpmPstyVersion");
        gpmPstyCriteria.add(Restrictions.eq("id", gpmPstyVersion.getId()));
    }

    DSVersion gpmLysVersion = tlVersionTrack.getGpmLysDsVersion();
    if (gpmLysVersion != null) {
        Criteria gpmLysCriteria = qCriteria.createCriteria("gpmLysVersion");
        gpmLysCriteria.add(Restrictions.eq("id", gpmLysVersion.getId()));
    }

    DSVersion gpmNtaVersion = tlVersionTrack.getGpmNtaDsVersion();
    if (gpmNtaVersion != null) {
        Criteria gpmNtaCriteria = qCriteria.createCriteria("gpmNtaVersion");
        gpmNtaCriteria.add(Restrictions.eq("id", gpmNtaVersion.getId()));
    }

    DSVersion hpaVersion = tlVersionTrack.getHpaDsVersion();
    if (hpaVersion != null) {
        Criteria hpaCriteria = qCriteria.createCriteria("hpaVersion");
        hpaCriteria.add(Restrictions.eq("id", hpaVersion.getId()));
    }

    DSVersion bcBcHgu133aVersion = tlVersionTrack.getBcHgu133aDsVersion();
    if (bcBcHgu133aVersion != null) {
        Criteria bcHgu133aVersionCriteria = qCriteria.createCriteria("bcHgu133aVersion");
        bcHgu133aVersionCriteria.add(Restrictions.eq("id", bcBcHgu133aVersion.getId()));
    }

    DSVersion bcBcHgu133p2Version = tlVersionTrack.getBcHgu133p2DsVersion();
    if (bcBcHgu133p2Version != null) {
        Criteria bcHgu133p2VersionCriteria = qCriteria.createCriteria("bcHgu133p2Version");
        bcHgu133p2VersionCriteria.add(Restrictions.eq("id", bcBcHgu133p2Version.getId()));
    }

    long num = (Long) qCriteria.setProjection(Projections.rowCount()).uniqueResult();
    if (num >= 1) {
        return true;
    } else {
        return false;
    }
}